健康科學院與國外學術機構建立姊妹校，以提供雙方師生學術交流的管道，增進師生的國際觀，並能與國際學術發展接軌。
本院各系所的姊妹校如下
日本茨城縣立醫療大學：Ibaraki Prefectural University of Health Sciences
日本北海道大學：Hokkaido University
日本早稻田大學：Waseda University
越南太原農林大學：Thai Nguyen University of Agriculture and Forestry
越南胡志明市醫藥大學：University of Medicine and Pharmacy at HCMC
美國內布拉斯加大學醫學中心：College of Allied Health Professions ,University of Nebraska Medical Center
美國杜蘭大學：Tulane University
美國南加州大學：University of Southern California
泰國瑪西朵大學：Faculty of Tropical Medicine, Mahidol. University
德國科隆大學：University of Cologne
瑞典卡羅林斯卡學院：Karolinska Institutet