目標有三：

1. 醫療資訊的範圍觸及醫學上所有的基礎與應用科學，且與現代資訊科技緊密地結合，將融合資訊與醫療管理等領域之知識成為一個完整之架構。
2. 配合本校現有資源基礎並搭配先進資訊科技與管理學說，建立整合性醫療資訊管理系統。
3. 有系統的引進及移轉國外最新的資訊管理理論，匯集產官學界的力量，以形成並發展醫療資訊管理的重點研究中心，並依階段需求發展成立醫療資訊研究所。