- 1999年8月本校升格並改名為高雄醫學大學並創設健康科學院，由余幸司教授擔任首任院長，院辦公室設在濟世大樓9樓。
- 本學院成立時，共有三所五系，包括「公共衛生研究所」、「職業安全衛生研究所」及「行為科學研究所」等三個研究所，以及「公共衛生學系」、「醫學技術學系」(醫事檢驗學組、放射技術學組)、「復健醫學系」(物理治療學組、職能治療學組)、「心理學系」、「醫學社會學系」等五個學系。
- 2000年8月吳聰能教授接任第二任院長，旋即借調至省政府服務，由楊俊毓教授代理院長一職，俟2001年5月重新遴選後，由楊教授正式接掌院務。
- 2000年8月成立公共衛生研究所醫務管理碩士在職專班。
- 2002年原醫學技術學系之醫事檢驗學組與放射技術學組分別獨立設系為「醫學技術學系」和「醫學放射技術學系」(均含四年制及二年制)。
- 2002年原復健醫學系之職能治療學組與物理治療學組也分別獨立設系為「職能治療學系」與「物理治療學系」，而職能治療學系亦於2007年成立碩士班。
- 2003年8月成立「醫療資訊管理學系」。
- 2004年8月原公共衛生研究所之醫務管理碩士在職專班獨立為「醫務管理學研究所」、醫學技術學系則更名為「生物醫學檢驗學系」並成立碩士班、醫學放射技術學系和心理學系也都成立碩士班，此外，職業安全衛生研究所亦成立博士班。
- 2005年8月醫學社會學與社會工作學系成立碩士班。
- 2006年8月蔡麗玉教授接任第四任院長。
- 2007年行為科學研究所歸屬醫學院。
- 2008年8月生物醫學檢驗學系更名為「醫學檢驗生物技術學系」並於同年成立博士班。
- 2008年8月醫學放射技術學系更名為「醫學影像暨放射科學系」。
- 2009年8月李金德教授接任第五任院長。
- 2011年8月職業安全衛生研究所併入公共衛生學系(學士班、碩士班、職業安全衛生碩士班、環境暨職業安全衛生博士班)。
- 2011年8月醫務管理學研究所與醫療資訊管理學系整併為醫務管理暨醫療資訊學系（學士班、碩士班、碩士在職專班）。
- 2012年8月心理學系及醫學社會學與社會工作學系併入人文社會科學院。健康科學院組織架構調整為6個學系，分別為公共衛生學系、醫學檢驗生物技術學系、物理治療學系、職能治療學系、醫學影像暨放射科學系、醫務管理暨醫療資訊學系。
- 2013年8月院辦公室由濟世大樓9樓搬遷至濟世大樓4樓。
- 2013年8月李金德教授辭卸院長職務，接任本校附設中和紀念醫院副院長乙職，本學院院長職務由楊俊毓副校長代理。
- 2015年2月何啟功教授接任第6任院長，旋即借調擔任高雄市衛生局擔任局長，由楊俊毓副校長代理院長職務。
- 2016年2月黃友利教授接任第7任院長。
- 2016年7月院辦公室由濟世大樓4樓搬遷至濟世大樓7樓。
- 2021年8月成立「人工智慧健康產業應用碩士學位學程」。
- 2022年2月郭藍遠教授接任第8任院長。
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