健康科學院歷任院長（1999年8月~迄今）
| 姓名 | 到職日期 | 卸任日期 | 備註 | |
|---|---|---|---|---|
| 第一任 | 余幸司教授 | 1999年8月1日 | 2000年7月31日 | |
| 第二任 | 吳聰能教授 | 2000年8月1日 | 2001年4月30日 |
吳院長借調省政府擔任副秘書長及921賑災災後重建推動委員會副執行長，由楊俊毓教授兼代院長。 |
| 第三任 | 楊俊毓教授 | 2001年5月1日 | 2006年7月31日 | |
| 第四任 | 蔡麗玉教授 | 2006年8月1日 | 2009年7月31日 | |
| 第五任 | 李金德教授 | 2009年8月1日 | 2013年7月31日 | |
| 楊俊毓教授 | 2013年8月1日 | 2014年1月31日 | 楊俊毓副校長兼代院長 | |
| 陳宜民教授 | 2014年2月1日 | 2015年1月31日 | 陳宜民副校長兼代院長 | |
| 第六任 | 何啟功教授 | 2015年2月1日 | 2015年7月31日 | 何院長借調高雄市衛生局擔任局長，由楊俊毓副校長兼代院長 |
| 楊俊毓教授 | 2015年8月1日 | 2016年1月31日 | 楊俊毓副校長兼代院長 | |
| 第七任 | 黃友利教授 | 2016年2月1日 | 2022年1月31日 | |
| 第八任 | 郭藍遠教授 | 2022年2月1日 |